圆通寺原名宁国寺，始建于五代后周显德五年（958 年），为史载钟埭最早的宗教建筑，宋代治平元年（1064 年）改为今名。元朝时被毁坏。明代洪武二十二年（1389 年）重新修建，名为圆通教寺，后屡坍屡修，至清代同治年间再次重修。上世纪五六十年代陆续被拆毁，改建为学校与粮管所，但原寺中的古银杏至今茂盛不衰。

圆通寺久负盛名，香火兴盛，旧时寺中千佛阁、周公祠、通济桥、起凤轩、来鹤亭、退院等引人入胜，兴盛时有日本僧人入驻寺内学习取经并圆寂葬于该寺塔林。

2016 年起异地重建，位于樱花公园对岸、嘉善塘右侧，占地 35 亩，恢复圆通宝殿、天王殿、钟楼、鼓楼等。每年夏初秋末举办水路法会、赛龙舟、禅修祈福节、花海辟谷等佛事活动。

圆通寺一期工程占地12.5亩，主要建筑为圆通宝殿、天王殿、钟楼、鼓楼等。